En Shugo Chara!, Amu Hinamori es una alumna tímida de la escuela primaria Seiyo a la que sus compañeros toman por una chica intrépida, «genial y con carácter», debido a la imagen que ella misma se ha construido. Una mañana encuentra en su cama tres huevos llamativamente decorados. De ellos nacen Ran, Miki y Su, Personajes Guardianes que encarnan lo que una persona podría llegar a ser y sus sueños. Su llegada empieza a sacar a la luz el lado de Amu que ella había mantenido oculto, al mismo tiempo que esos Personajes la meten en situaciones embarazosas e imprevisibles que ya no puede evitar.
El inusual vínculo de Amu con varios Personajes llama la atención de los Guardianes de la escuela primaria Seiyo, un grupo parecido a un consejo estudiantil cuyos miembros tienen cada uno su propio Personaje Guardián. Junto a Tadase Hotori, Nadeshiko Fujisaki, Kukai Souma y Yaya Yuiki, se convierte en la «Joker» de los Guardianes y ayuda a localizar los Huevos X, Huevos del Corazón corrompidos vinculados a Easter Company y a su búsqueda del misterioso Embryo. A medida que el misterio se complica, el camino de Amu se cruza con figuras como Ikuto Tsukiyomi y Utau Hoshina, lo que convierte su lucha por expresarse en un conflicto mayor sobre la identidad, los sueños y el poder oculto en cada corazón.