Shouwa Genroku Rakugo Shinjuu sigue a Yotarou, un antiguo miembro de la yakuza que sale de prisión decidido a abandonar el crimen y dedicarse por completo al rakugo, el arte tradicional japonés de narrar historias cómicas. Atraído por una actuación del célebre Yakumo Yuurakutei, decide conocer al maestro que cambió su vida, y finalmente Yakumo accede a aceptar a Yotarou como su primer aprendiz.
Cuando comienza su formación, Yotarou conoce a Konatsu, una joven de carácter áspero que ha vivido bajo el cuidado de Yakumo desde que falleció su querido padre, Sukeroku Yuurakutei, otro prolífico intérprete de rakugo. La pasión oculta de Konatsu conduce a Yotarou hacia el estilo distintivo de rakugo de Sukeroku, al mismo tiempo que aprende las técnicas más contenidas de Yakumo. Ese contraste despierta viejos recuerdos y sentimientos no resueltos en Yakumo, que se ve obligado a volver la vista atrás, a los años anteriores, cuando hizo una promesa con su mayor rival.
Ambientada entre el pasado y el presente, Shouwa Genroku Rakugo Shinjuu explora el arte del rakugo, las relaciones que crea y la vida de las personas que se entregan a preservar esta forma singular de narración.