Revolutionary Girl Utena comienza con una tragedia que deja a una joven princesa destrozada tras la muerte de sus padres. Un príncipe errante la consuela, le seca las lágrimas y le entrega un anillo con un emblema de rosa, prometiéndole que, mientras lo conserve, están destinados a reencontrarse. Ese momento marca a Utena Tenjou, que crece decidida a convertirse ella misma en un príncipe.
Años después, Utena asiste a la Academia Ootori, donde el mismo emblema de rosa de su preciado anillo la conduce a un mundo oculto bajo la elegante apariencia del colegio. Atraída por el aroma de las rosas, ve a Anthy Himemiya cuidando las flores mientras el presidente del consejo estudiantil, Touga Kiryuu, y el vicepresidente, Kyouichi Saionji, discuten por ella. Lo que parece un encuentro extraño arrastra rápidamente a Utena a la sociedad secreta de los Duelistas, portadores de anillos que luchan por la posesión de la Novia de la Rosa, Anthy Himemiya, de quien se dice que posee un gran poder.
Conmocionada por el trato que recibe Anthy y decidida a demostrar que puede actuar como un príncipe, Utena desafía el sistema que la rodea. Mientras combate a los Duelistas, intenta salvar a Anthy del cruel destino que le han impuesto y enfrenta el significado de la promesa que inspiró su vida.