Shiro Seijo to Kuro Bokushi transcurre en una pequeña iglesia situada en lo alto de una colina, donde el pastor Lawrence cuida de Santa Cecilia, una joven mujer santa cuya presencia es un faro de esperanza para los aldeanos. Ante quienes visitan la iglesia, Cecilia se muestra elegante y digna, y sus misteriosos poderes los protegen de las debilidades de la mente y de los males que vienen del exterior. Sin embargo, una vez que los aldeanos regresan a sus casas, la santa deja a un lado esa compostura formal y revela su lado perezoso, que solo Lawrence llega a ver. Aunque Cecilia es la guardiana del pueblo, Lawrence sigue decidido a protegerla a su vez de cualquier daño.
Lo que Lawrence no comprende es que Cecilia está profundamente enamorada de él. Lo acompaña cuando va de compras, vela por su vida cotidiana y le ofrece protección divina todos los días, mientras él permanece ajeno a lo que realmente significan sus sentimientos. Cecilia, por su parte, sigue expresando su afecto de maneras que parecen evidentes para todos salvo para él. A medida que ambos continúan compartiendo la apacible rutina de la vida en la iglesia y cuidando juntos de los demás, el vínculo entre la santa y el pastor se va haciendo más fuerte.