Shinobi no Ittoki sigue a Ittoki Sakuraba, un chico de aspecto corriente cuya vida prudente y protegida empieza apenas a cobrar sentido. Su madre, su tío y, sobre todo, su amiga de la infancia Kousetsu tratan cada paso que da como si pudiera ponerlo en peligro, y Kousetsu lo sigue tan de cerca que apenas puede verla como algo más que una amiga sobreprotectora. Esa ilusión se desmorona cuando Satomi Tsubaki, una aparente y amable alumna de segundo año de su instituto, lo invita a salir y lo conduce a una trampa. En casa de Tsubaki, Ittoki descubre que su intención es asesinarlo, y su tío y Kousetsu llegan justo a tiempo para salvarlo, emergiendo de la sombra con indumentaria ninja oscura y revelándole un mundo oculto cuya existencia nunca había sospechado.
Obligado a aceptar la verdad, su madre le revela que es el decimonoveno heredero del clan Iga, un noble clan de ninjas que ahora es blanco del clan rival Koga. Con su antigua vida hecha añicos, no le queda más remedio que entrenarse en la Academia Ninja Kokuten, la única escuela ninja que sigue funcionando en Japón. A medida que el conflicto entre Iga y Koga se cierne sobre él, Ittoki debe aprender a sobrevivir el tiempo suficiente para proteger su legado y decidir qué clase de futuro quiere hacer suyo.
