En Shingetsutan Tsukihime, Shiki Tohno regresa a la casa de los Tohno tras años de ausencia, llamado de vuelta cuando su padre muere y su hermana menor, Akiha, se convierte en la nueva cabeza de la familia. De niño, Shiki despertó en una habitación de hospital después de un accidente que puso en peligro su vida con una aterradora habilidad: puede ver finas líneas que recorren toda la materia, y todo lo que se corta siguiendo esas líneas queda destruido al instante. Unas gafas especiales lo ayudan a reprimir esa visión, y él intenta mantener oculto ese secreto sobrenatural mientras cursa en paz su segundo año de instituto.
Esa paz termina de camino a casa desde la escuela, cuando se encuentra con una misteriosa mujer de brillantes ojos rojos. Presa de un repentino arrebato psicótico, Shiki parece matarla y poco después se desmaya. Al día siguiente, un par de sabuesos demoníacos lo ataca, y la misma mujer llega a tiempo para salvarle la vida. Ella se presenta como Arcueid Brunestud, una princesa vampira, y arrastra a Shiki a su cacería de las fuerzas responsables de una serie de asesinatos en la ciudad. A medida que Shiki une fuerzas con Arcueid, con la severa Ciel siempre cerca y los secretos de la mansión Tohno cercándolo cada vez más, empieza a desentrañar la verdad sobre su linaje, sus recuerdos perdidos y la oscuridad que rodea a su familia.