En Shiki, la aislada aldea montañosa de Sotoba se ve sacudida cuando la muerte repentina de Megumi Shimizu va seguida de una oleada de fallecimientos inexplicables. A medida que el verano se instala en la localidad, el médico Toshio Ozaki se niega a aceptar las explicaciones oficiales y empieza a buscar un patrón en las muertes. Su investigación arrastra al adolescente Natsuno Yuuki y a un pequeño grupo de aliados, y juntos remontan el misterio hasta la mansión de la colina y sus nuevos residentes.
A partir de ahí, Shiki se convierte en la historia de una comunidad asediada. El miedo se extiende de casa en casa, las viejas rutinas se desmoronan y los vecinos empiezan a desconfiar unos de otros a medida que aumenta el número de muertos. El apacible ritmo de la aldea cede paso a la paranoia, el duelo y una desesperación creciente, mientras la fuerza sobrenatural oculta bajo la superficie empuja a Sotoba hacia un conflicto abierto. Lo que comienza como un misterio local acaba convirtiéndose en una tensa lucha por la supervivencia, obligando a los habitantes del pueblo a decidir en quién están dispuestos a confiar cuando la pesadilla llega a cada puerta.