Shigurui se desarrolla en el período Edo temprano, cuando años de paz no han dulcificado el código samurái de disciplina letal. En el torneo del señor Tokugawa Tadanaga, las espadas de práctica de madera se dejan a un lado y los combates se libran con hojas reales, convirtiendo la competición ritualizada en un espectáculo en el que un solo error puede mutilar o matar.
En el centro de Shigurui están Fujiki Gennosuke, que ha perdido un brazo, e Irako Seigen, que es ciego. Ambos son discípulos de Iwamoto Kogan, célebre como el mejor espadachín de Japón, y los dos creen ser el legítimo heredero de su escuela. Su rivalidad no se limita a un duelo en la arena, sino que es una lucha por el orgullo, la formación y el reconocimiento, y cada uno está decidido a demostrar que sus cicatrices no merman su fuerza.
A medida que sus caminos se acercan, la serie sigue la violencia que se extiende desde su conflicto y recorre el destino de los hombres arrastrados a su alrededor. El resultado es un retrato sombrío de la ambición, la obsesión y los ideales brutales que perduran bajo una era de paz.