Shigofumi se desarrolla en un mundo donde los muertos pueden enviar un último mensaje a los vivos. Estas cartas, conocidas como shigofumi, nacen de sentimientos poderosos que quedaron sin resolver en el momento de la muerte —amor, añoranza, resentimiento, esperanza o arrepentimiento— y llegan a personas que pueden estar esperando respuestas o tratando de evitarlas a toda costa. La callada y enigmática Fumika Mikawa es una de las mensajeras encargadas de entregar esos mensajes; viaja junto a Kanaka, su bastón parlante y compañero, para asegurarse de que cada shigofumi llegue a su destinatario, incluso cuando su contenido reabre el duelo, la culpa o conflictos enterrados.
A medida que Fumika se mueve entre el mundo de los muertos y el de los vivos, cada entrega deja al descubierto heridas íntimas, fracturas familiares y las tragedias que unen al remitente y al destinatario. Las cartas revelan los secretos más profundos tanto de los recién fallecidos como de las personas que dejan atrás. Sin embargo, la serie también mantiene el foco en la propia Fumika. Los mensajeros de shigofumi son seres humanos muertos que normalmente conservan el aspecto que tenían justo antes de morir, pero hay algo en Fumika que no encaja con esa regla, y el misterio que rodea su pasado va ocupando gradualmente un lugar central en la historia. Quién era antes de convertirse en mensajera —y por qué parece distinta de los demás— sobrevuela la serie tanto como los mensajes que entrega.