Shadows House sigue la extraña vida cotidiana dentro de una colosal mansión oculta en lo profundo de las montañas, lejos de la sociedad humana corriente, donde la familia noble Shadow vive en constante secreto. Los Shadow son seres completamente negros que desprenden hollín cuando se agitan y, cuando un hijo de la casa alcanza la edad adulta, se le asigna una Muñeca Viviente: una asistente humana que actúa como su rostro, su voz y la otra mitad que nunca pueden mostrar, la expresión que podrían haber tenido de no ser por su piel oscura.
Emilico, una alegre Muñeca recién creada, es asignada a la amable Kate, y ambas forman rápidamente una relación inusual pese a sus personalidades tan distintas. Mientras Emilico aprende las normas que rigen su papel e intenta atender las necesidades de su ama, empieza a conocer a otras Muñecas y a sus respectivos amos, y poco a poco va descifrando cómo funciona la sociedad de la mansión y qué se espera de quienes viven en ella.
Guiada por la regla de que las Muñecas no deben preocuparse por nimiedades, Emilico aun así no logra ignorar las costumbres extrañas, las tensiones ocultas y los profundos secretos que rodean a Shadows House. Cuanto más descubre, más claro resulta que las elegantes rutinas de la finca esconden una verdad mucho más perturbadora sobre el propósito de las Muñecas y el mundo en el que habitan.