Seto no Hanayome comienza cuando Nagasumi Michishio, un estudiante de secundaria que pasa el verano en el mar Interior de Seto, se ve arrastrado a un mundo en el que la ley de las sirenas y el poder de los yakuza se entrelazan de la manera más extraña imaginable. Mientras nada en Mio Sun Beach, sufre un doloroso calambre en la pierna y empieza a ahogarse, hasta que una sirena llamada Sun Seto lo salva del agua. Sin embargo, ese rescate plantea un problema fatal: según la ley de las sirenas, toda sirena cuya identidad sea revelada a un humano debe ser ejecutada.
Para proteger a Sun, la familia Seto obliga a Nagasumi a aceptar un trato imposible: casarse con Sun o ser asesinado por Gouzaburou, el padre de Sun y jefe del clan Seto. Sin una salida real, Nagasumi acepta, y ambos quedan atrapados en un matrimonio secreto que debe resistir los incesantes intentos de Gouzaburou por matar a Nagasumi, además de las excentricidades de los muchos rivales y personajes disparatados que siguen irrumpiendo en su vida cotidiana.
A medida que Nagasumi y Sun se adaptan a esta situación tan absurda, su coartada empieza poco a poco a parecer real. Lo que comienza como un desesperado plan de supervivencia se convierte gradualmente en un amor genuino e inocente, transformando una mentira peligrosa en un romance inesperadamente conmovedor.