Seitokai Yakuindomo sigue a Takatoshi Tsuda, quien, en su primer día en la antigua Academia Privada Ousai, hasta entonces exclusivamente femenina, es detenido por la presidenta del consejo estudiantil, Shino Amakusa, debido a su uniforme desaliñado. Tras disculparse por haberlo retrasado antes de su primera clase y señalar que el consejo necesita un punto de vista masculino ahora que los chicos empiezan a asistir al centro, Shino lo nombra vicepresidente del consejo estudiantil incluso antes de que haya entrado debidamente en el edificio.
Lo que debería ser una vida escolar sencilla pronto se convierte en una lluvia constante de bromas sexuales absurdas y pullas con total seriedad. Shino, que aparenta ser estudiosa y seria pero en realidad es una gran pervertida obsesionada con las insinuaciones eróticas, dirige el caos con entusiasmo implacable. La secretaria Aria Shichijou parece una joven dama protegida de una familia adinerada, pero es tan atrevida como la presidenta, si no más. La tesorera Suzu Hagimura parece comparativamente normal, pero es profundamente consciente de su cuerpo de tamaño infantil y no logra escapar de las burlas de los demás.
Mientras Takatoshi intenta hacer su trabajo y mantener en funcionamiento el consejo estudiantil, se ve arrastrado a la locura interminable de la Academia Privada Ousai, donde cada reunión se convierte en una nueva ronda de comedia indecente improvisada y la extraña química del grupo no deja de fortalecerse.