Seirei no Moribito se centra en el Imperio Shin Yogo, donde la sequía y una antigua profecía chocan. Los Lectores de las Estrellas advierten que, si el demonio del agua vuelve a aparecer, su muerte podría salvar el reino, pero el presagio recae en el príncipe Chagum, hijo del emperador. Señalado como un sacrificio para la supervivencia del imperio, Chagum se ve arrastrado a una lucha contra la política de palacio, el mito y los hombres enviados a eliminarlo.
Cuando Balsa, una mercenaria armada con una lanza, llega a Shin Yogo por asuntos de trabajo, frustra un intento de asesinato apenas disimulado y la madre de Chagum le pide que proteja al príncipe del emperador y de sus cazadores. Atada por un voto sagrado que hizo tiempo atrás, Balsa acepta, y ambos huyen a través de un mundo moldeado por antiguas creencias, lealtades frágiles y el peso del deber. A medida que Seirei no Moribito avanza, sigue el vínculo que va surgiendo entre ambos y la serena belleza de la vida y la naturaleza, mientras el destino del imperio se cierne sobre cada paso que dan.