Seirei Gensouki comienza con Haruto Amakawa, un estudiante universitario de 20 años cuya vida termina en un accidente de tráfico antes de despertar en un mundo que no reconoce, ahora en el cuerpo de Rio, un niño cargado con sus propios recuerdos dolorosos. A medida que los recuerdos de Haruto y la identidad de Rio empiezan a fusionarse, Rio descubre que también ha heredado poder mágico, pero esta nueva existencia no borra la rabia que sigue ardiendo en su interior: el deseo de vengarse de quienes asesinaron a su madre.
Dividido entre dos vidas y dos conjuntos de recuerdos, Rio debe encontrar un camino mientras carga con el dolor y un propósito. Su rumbo cambia cuando se encuentra con la princesa secuestrada del Reino de Bertram y la rescata sin dudarlo. En agradecimiento, el rey le concede un puesto en la Academia Real de Bertram, ofreciéndole la oportunidad de empezar de nuevo en un entorno prestigioso. Pero la academia no es un refugio. Como habitante de los barrios bajos, rodeado de los hijos de los nobles, Rio se enfrenta a una presión social constante, a marcadas divisiones de clase y a la difícil tarea de demostrar su valía en un lugar que nunca estuvo pensado para acogerlo.