La historia gira en torno a Maya, hija del exdirector de la Academia Waldstein, y Fumiaki Uchida, un agente viajero en el tiempo. En el año 2012, el mundo había sido invadido por extraterrestres y se enviaron viajeros temporales al año 1999 para encontrar y destruir la Llave de Nostradamus, que según las profecías de Nostradamus provocaría el apocalipsis. La serie se traslada al año 1999, cuando Maya regresa a la Academia con la intención de destruirla usurpando el puesto que ocupó su difunto padre como director. Su plan se ve interrumpido al conocer a Fumiaki y enterarse de la destrucción que se avecina. A pesar de su desconfianza hacia él, hacen un pacto para buscar la Llave de Nostradamus.
Para localizar la Llave de Nostradamus, a los agentes del tiempo se les entregaron teléfonos móviles especialmente creados. Cuando un usuario encuentra un objeto de interés, piensa en destruirlo y le hace una foto; si la imagen resultante muestra un mundo pacífico, ese objeto es la Llave de Nostradamus. En cambio, si no lo es, la foto refleja destrucción. Con ese teléfono, Maya y Fumiaki investigan sucesos ocultos conforme ocurren en la ciudad.