Seiken Gakuin no Makentsukai transcurre después de que la larga guerra contra las fuerzas del mal alcanza su fase final, cuando Leonis Death Magnus, el Rey No Muerto y último Señor Oscuro superviviente, decide sellarse bajo tierra y esperar mil años a que se presente una oportunidad de reconstruir su ejército demoníaco.
Cuando Leonis despierta en una época muy distinta, el mundo ha olvidado aquella vieja guerra. Los dispositivos mágicos ocupan ahora el lugar que antes dominaba la hechicería, y la humanidad depende de las Espadas Sagradas —poderes especiales manifestados como armas— para combatir a los monstruosos Vacíos que amenazan la civilización. Renacido como un niño humano de 10 años, Leonis sale a la luz en esta extraña nueva era con la misma ambición que tenía antes: apoderarse del mundo.
Su camino cambia cuando conoce a Riselia Ray Crystalia, una muchacha diligente que descubre las ruinas de su cámara de hibernación y confunde su situación con una amnesia. Ella lo lleva a la Academia Excalibur, donde los estudiantes se entrenan para combatir a los Vacíos. Mientras Leonis lucha por comprender esta sociedad desconocida, debe ocultar su verdadera naturaleza, desenvolverse en su relación con Riselia y decidir cómo perseguir su objetivo de recuperar su poder en un mundo que ya no recuerda a los Señores Oscuros.
