Seihantai na Kimi to Boku sigue a Miyu Suzuki y Yuusuke Tani en un aula corriente de instituto, donde dos estudiantes de temperamentos opuestos aprenden poco a poco a encontrarse a medio camino. Suzuki es moderna, vivaz y está siempre atenta al ánimo de quienes la rodean, mientras que Tani es directo, sereno y tan parco que al principio puede parecer distante. Sus interacciones cotidianas son pequeñas y a menudo fugaces, por lo general no van más allá de las preguntas al azar de Suzuki y las breves respuestas de Tani, pero esos intercambios tranquilos van construyendo gradualmente algo más cálido y significativo.
Suzuki llega a admirar a Tani precisamente por lo que es: directo, respetuoso con todo el mundo y completamente indiferente a encajar. En cambio, ella se preocupa muchísimo por lo que piensen los demás e intenta por todos los medios ocultar sus sentimientos. Cuando un malentendido la lleva a declararse, se llena de alegría al descubrir que Tani siente lo mismo. A partir de ahí, ambos empiezan a salir, y su relación se convierte en una delicada historia de amistad, romance y la nerviosa emoción de enamorarse, centrada en los pequeños momentos que hacen que dos personas muy distintas se sientan cerca.