School Days sigue a Makoto Itou al comienzo de su segundo semestre de primer curso, cuando se fija en Kotonoha Katsura en el tren que ambos toman cada día y queda cautivado por su serena belleza. Demasiado nervioso para hablar con ella, le toma en secreto una foto a Kotonoha y la usa como fondo de pantalla de su móvil, aferrándose a un amuleto del que se dice que ayuda a que el amor oculto se haga realidad.
Cuando su compañera de clase Sekai Saionji descubre la imagen, no lo delata. En cambio, se ofrece a ayudarle a conquistar el corazón de Kotonoha e incluso se hace amiga de Kotonoha en nombre de Makoto. Lo que comienza como un arreglo incómodo se convierte rápidamente en un triángulo íntimo e inestable.
A partir de ahí, School Days acompaña a Makoto, Kotonoha y Sekai a través de las rutinas cotidianas y las inseguridades privadas de la vida escolar. Sus relaciones cambian bajo la presión del romance, los celos, la soledad y los malentendidos, convirtiendo pequeños gestos en grietas emocionales. La serie construye su tono a través de momentos cotidianos y luego deja que esos sentimientos se acumulen hasta componer un retrato cada vez más inquietante de la adolescencia, donde el afecto y la crueldad están mucho más cerca de lo que cualquiera de ellos imagina.