Samurai Flamenco sigue a Masayoshi Hazama, un joven que ha pasado su vida persiguiendo el sueño de la infancia de convertirse en un auténtico superhéroe. De día trabaja como un modelo famoso; de noche se convierte en el autoproclamado Samurai Flamenco, armado solo con un traje y guiado por su propio credo: un héroe nunca se rinde, nunca se esconde, nunca es derrotado y nunca acepta el mal. Al principio se dedica a combatir las fechorías cotidianas, enfrentándose a jóvenes rebeldes, pequeños ladrones e incluso a quienes tiran basura al suelo, convencido de que la justicia puede imponerse solo con determinación.
Su cruzada pronto atrae la atención del público, y el policía Hidenori Gotou descubre su identidad secreta. Al principio, Gotou le dice que deje la lucha contra el crimen en manos de la policía, pero con el tiempo acaba uniéndose a sus ocurrencias, y ambos comienzan a enfrentarse a situaciones mucho más extrañas que simples trastadas callejeras. Lo que empieza como una campaña contra la basura y la delincuencia menor se transforma en aventuras disparatadas que incluso llegan a afectar al destino del mundo, arrastrando a Masayoshi, Gotou y a sus nuevos compañeros a una lucha tanto contra amenazas externas como contra sus propios ideales. En el camino, Samurai Flamenco plantea qué significa realmente ser un héroe, con superpoderes o sin ellos.