Samurai 7 transcurre en un planeta lejano del futuro que quizá en otro tiempo fue la Tierra, donde los samuráis han mejorado mecánicamente sus cuerpos y, tras una guerra devastadora, se ha asentado una paz conseguida a duras penas. Esa paz se rompe para los habitantes de la aldea Kanna cuando unos bandidos mecanizados conocidos como los Nobuseri comienzan a robar alimentos y a secuestrar aldeanos, dejando a los campesinos al borde de la hambruna.
Con poco más que ofrecer que el arroz de sus escasas cosechas, Kirara, la sacerdotisa del agua de la aldea, su hermana menor Komachi y el aldeano Rikichi, abatido por el dolor, emprenden la búsqueda de samuráis dispuestos a defenderlos. Su viaje los conduce a peligrosos encuentros y a escapar por los pelos, hasta que consiguen reunir a siete samuráis de distintas especialidades y experiencia para ponerse entre la aldea y los Nobuseri.
A medida que Samurai 7 avanza hacia una batalla épica, la lucha de los aldeanos también pone al descubierto a los mercaderes que apoyan y se benefician de la violencia de los bandidos. Inspirada libremente en la célebre película de Akira Kurosawa Los siete samuráis (Shichinin no Samurai), la serie combina un planteamiento clásico de defensa de la aldea con un entorno futurista, y convierte los temas de la supervivencia, la lealtad y la resistencia colectiva en un conflicto de gran escala entre Kanna Village, sus espadas a sueldo y las fuerzas que respaldan a los asaltantes mecanizados.