Sakurada Reset sigue a Kei Asai en Sakurada, una ciudad costera donde muchos habitantes nacen con poderes inusuales. Un día, en la azotea de una escuela, conoce a Misora Haruki, una chica capaz de reiniciar cualquier cosa a su alrededor hasta un punto situado hasta tres días atrás. El problema es que ni Misora ni nadie más puede saber cuándo se ha producido un reinicio, mientras que Kei puede retener cada detalle gracias a su memoria fotográfica. Después de que ambos usen sus habilidades juntos para ayudar a alguien, se incorporan al Club de Servicios y empiezan a atender peticiones de los habitantes de la ciudad.
Su labor pronto los pone en contacto con la misteriosa Oficina de Administración, una organización que supervisa las habilidades en Sakurada y manipula discretamente los acontecimientos de la ciudad para sus propios fines. A medida que Kei y Misora se ven envueltos en más intrigas de la Oficina, descubren que el aparente ritmo ordinario de la ciudad está moldeado por reglas ocultas, una observación minuciosa y el precio de alterar lo que ya ha sucedido. Sakurada Reset combina un drama de personajes contenido con un misterio de manipulación temporal, mientras los pequeños actos de ayuda del Club de Servicios los conducen poco a poco hacia la estructura más profunda que rige su ciudad.