Sakamoto Days sigue a Tarou Sakamoto, un legendario sicario cuyo nombre infundía temor en todos los villanos y le granjeó el respeto de otros asesinos. En el apogeo de su carrera, Sakamoto parecía intocable, pero todo cambia cuando se enamora. En solo cinco años, se casa, se convierte en padre, engorda y deja atrás sus armas para dirigir una modesta tienda de conveniencia, eligiendo una tranquila vida familiar por encima de la violencia que lo hizo famoso.
Sin embargo, la jubilación no significa que el submundo se haya olvidado de él. Sakamoto lucha por mantener enterrado su pasado cuando Shin Asakura, su antiguo compañero, regresa y decide quedarse con su familia bajo su estricta regla de no matar. Poco después, se ofrece una enorme recompensa por la cabeza de Sakamoto y, uno tras otro, los asesinos comienzan a acercarse al supuesto legendario retirado. Lo que descubren es que Sakamoto no ha perdido ni sus instintos ni su destreza. Incluso mientras protege a la familia que ama, sigue siendo capaz de superar en combate, en ingenio y en resistencia a cualquiera que vaya tras él, convirtiendo cada ataque en otro recordatorio de que el hombre más peligroso de la sala es precisamente el que solo desea una vida en paz.