Rokujouma no Shinryakusha!? convierte la estrecha habitación 106 de Corona House en el epicentro de una extraña lucha de intereses. Tras el repentino traslado laboral del padre de Koutarou Satomi, este estudiante de primer curso de instituto se ve obligado a buscar un lugar propio y aprovecha la oportunidad para alquilar el diminuto apartamento por solo cinco mil yenes al mes. El chollo parece perfecto hasta que, mientras trabaja a media jornada, se topa con una cueva misteriosa que conecta su nuevo hogar con un conflicto todavía más extraño.
La noche siguiente, Koutarou se encuentra cara a cara con una sucesión de visitantes que aseguran que la habitación les pertenece. Sanae Higashihongan aparece como un fantasma que ronda el apartamento, Yurika llega como una chica mágica, Theiamillis Gre Fortorthe se presenta como una princesa alienígena y Kiriha Kurano hace su aparición como descendiente directa de los Pueblos de la Tierra. Cada una necesita el apartamento por sus propios motivos, y ninguna está dispuesta a ceder sin luchar.
Lo que sigue es una batalla campal cómica ambientada en una habitación de seis tatamis, donde la rivalidad sobrenatural, los enredos románticos de instituto y la inesperadamente afable casera no dejan de alimentar el caos en torno a la nueva vida de Koutarou.