Rakudai Kenja no Gakuin Musou sigue a Ephtal, el Sabio del Viento, un humano reencarnado desde la Tierra moderna en un mundo donde la magia es real. Decidido a dedicar su vida a dominar la hechicería, lo entrega todo a esa meta, solo para descubrir que no tiene ningún talento para la magia y, finalmente, muere sumido en la angustia tras una vida de frustración.
Su historia no termina ahí. Ephtal vuelve a nacer 400 años después, conservando el mismo nombre y los conocimientos y el poder que había acumulado antes. Con su determinación renovada, vuelve a poner la vista en la cima de la magia, dispuesto a continuar el ascenso que le fue negado en su primera vida.
En cambio, se encuentra con un mundo en el que la magia ha decaído hasta el punto de que los hechizos poderosos son ahora raros. En esta era de hechicería menguante, el mago sin talento que antes estaba en el fondo se vuelve de repente imbatible. De la impotencia a la supremacía, la segunda oportunidad de Ephtal se convierte en el comienzo de un nuevo ascenso hacia la cima de la magia.