Ragna Crimson transcurre en un mundo en el que la humanidad sobrevive bajo la amenaza constante de dragones ancestrales, criaturas tan poderosas que solo hay dos métodos capaces de matarlos de forma fiable: congelarles la sangre con silverine, un aura extraída de armas de plata, o calcinar sus cuerpos con la luz del sol.
En esa época brutal, Leonica, una joven cazadora dotada de un talento excepcional, viaja junto a su amigo íntimo Ragna. Se le teme ampliamente por estar maldito, porque los dragones parecen aparecer siempre para atacarlo y masacrar a las personas más cercanas a él; aun así, Leonica cree que todavía tiene potencial y decide luchar a su lado. Ragna, a su vez, confía en que la fuerza abrumadora de Leonica tal vez baste para protegerla de la desgracia que lo persigue.
Esa frágil esperanza se derrumba cuando Ragna sueña con la muerte de Leonica y llega a creer que se trata de una profecía. El día que teme que esté por llegar, se encuentra con su yo del futuro, que le concede un poder inmenso y recuerdos del porvenir para que pueda proteger a Leonica. Armado con esa segunda oportunidad, Ragna se une al enigmático Crimson y se entrega a una guerra implacable para erradicar a los dragones de una vez por todas. La serie convierte ese juramento desesperado en una dura campaña de supervivencia, venganza y adversidades imposibles.