En Qualidea Code, el cielo se abre en dos y unos seres extradimensionales conocidos como los Unknown lanzan un ataque repentino y brutal contra la humanidad. En respuesta, Japón pone a todos sus niños en sueño criogénico, con la esperanza de protegerlos hasta que la guerra pueda librarse hasta el final.
Años después, la humanidad ha logrado mantener una cabeza de puente en un rincón de Japón, que ahora sirve como línea del frente del conflicto. Cuando los niños despiertan, descubren que durante la criogenización desarrollaron Worlds, poderes sobrenaturales únicos para cada persona. Los seis niños más poderosos son asignados para comandar las ciudades recuperadas y usar esas habilidades para defender las fortalezas de la invasión en curso. Los amigos de la infancia Ichiya Suzaku y Canaria Utara lideran Tokio; los hermanos Kasumi y Asuha Chigusa se encargan de Chiba, y Maihime Tenkawa y Hotaru Rindou supervisan Kanagawa.
Como los Unknown siguen atacando con una regularidad inquietante, los jefes de las ciudades y sus segundos entran en un conflicto constante, convirtiendo incluso la defensa rutinaria en una sucesión de pequeñas rivalidades y discusiones. Cuando la presión de los Unknown aumenta de repente, las tres ciudades deben dejar de lado sus diferencias y luchar juntas, o la humanidad corre el riesgo de perder su última línea de defensa.
