Phantom transcurre en una América donde la violencia mafiosa se ha vuelto algo cotidiano y la organización secreta Inferno dirige en la sombra muchos de los asesinatos que se cometen en sus calles. En el centro de ese conflicto oculto está Phantom, el arma humana casi invencible de Inferno, un nombre que inspira miedo incluso entre los delincuentes.
La historia da un giro cuando un turista japonés presencia por accidente a Phantom cometiendo un asesinato. Desesperado por huir, se esconde en un edificio apartado, pero Phantom lo localiza —más tarde se revela que es una joven llamada Ein— junto con Scythe Master, el líder de Inferno. En lugar de eliminarlo, lo capturan y le arrebatan su identidad mediante lavado de cerebro. Renacido como Zwei, el antiguo turista se convierte en un instrumento controlado por Inferno, obligado a vivir sin recuerdos de su pasado.
Arrastrado a un mundo de engaños, violencia y manipulación constante, Zwei lucha por sobrevivir cada día mientras busca una forma de volver a ser la persona que fue. A medida que avanza más y más en la red sombría de Inferno, cada decisión conlleva la amenaza de muerte, y cada pista sobre su vida perdida tiene un precio peligroso.