La historia se desarrolla en Ayanagi, una ciudad junto al mar de Japón. Es una ciudad futurista construida para llevar a cabo la recuperación tras la calamidad provocada por el Síndrome de la Apatía diez años antes. El estudiante de secundaria Shin Kanzato, junto a su hermano menor Jun, se reencuentran con su hermano mayor Ryou —jefe de la policía de Ayanagi— después de una década. Entonces comienza una serie de extraños sucesos en la ciudad: la tripulación de un submarino que desaparece de repente mientras están a bordo; un síntoma desalmado que vuelve a perturbar al mundo; y el caso del cadáver al revés, en el que un alumno adopta una apariencia macabra. Ryou sigue la pista de la organización detrás de estos incidentes y, al verse involucrado, Shin despierta la Persona.