Otome Youkai Zakuro se ambienta en un Japón alternativo en el que la occidentalización está transformando la vida cotidiana, las costumbres y la frontera entre el mundo humano y el mundo de los espíritus. El segundo teniente Kei Agemaki, hijo de un general famoso, ha pasado su vida ocultando un miedo abrumador a los seres sobrenaturales, pero ese miedo se pone a prueba cuando él y otros dos oficiales son reasignados al Ministerio de Asuntos Espirituales. Allí se ven obligados a vivir y trabajar junto a yōkai, convirtiendo cada misión en una prueba de nervios, confianza y cooperación.
Con la ayuda del espíritu zorro Kushimatsu, Kei debe colaborar con las jóvenes yōkai Zakuro, Susukihotaru, Hoozuki y Bonbori mientras investigan sucesos sobrenaturales y afrontan la incómoda distancia entre humanos y espíritus. A medida que las viejas costumbres chocan con las nuevas ideas, la historia sigue alianzas frágiles y colaboraciones a regañadientes, al tiempo que pone de relieve la tensión que surge cuando Oriente se encuentra con Occidente, lo local con lo extranjero y las mujeres con los hombres. A lo largo de sus casos sobrenaturales, Otome Youkai Zakuro se centra en el lento y difícil proceso de aprender a confiar unos en otros.