Onegai AiPri sigue a Konomi Inori, una estudiante de primero de secundaria que acaba de mudarse a la ciudad de Onegai y todavía trata de encontrar su lugar allí. En la plaza del pueblo, se coloca ante una estatua de una diosa y pide convertirse en una AiPri y entrar en el mundo con el que ha estado soñando. Esa plegaria la lleva a un encuentro fortuito con Aoi Yumemiya, la conocida AiPri, y con Fortu, un misterioso peluche parlante que busca a una AiPri capaz de hacer realidad un deseo. Cuando Aoi le entrega a Konomi un pacto especial con un espejo, el sueño que solo había anhelado empieza a hacerse realidad. Al adentrarse en el mundo de AiPri, Konomi descubre que no es solo un lugar para admirar desde lejos, sino un espacio en el que importan el valor, la amistad y la determinación. Con Aoi guiándola por este nuevo entorno y Fortu continuando su búsqueda, Konomi comienza a dar sus primeros pasos reales hacia el futuro que ha imaginado, convirtiendo la añoranza en acción y la esperanza en un camino por delante.