En Omamori Himari, Yuuto Amakawa intenta adaptarse a una vida urbana normal tras la muerte de sus padres, apoyándose en la rutina escolar, la presencia de Rinko, su vecina de al lado, y la frágil calma creada por el amuleto que durante años lo ha mantenido alejado del mundo sobrenatural. La única cosa que nunca lo deja en paz es su alergia a los gatos, una molestia irritante que casi resulta apropiada para un chico cuyo destino está ligado a criaturas mucho más extrañas que las mascotas domésticas.
Ese equilibrio se rompe el día de su decimosexto cumpleaños, cuando un ayakashi, una criatura sobrenatural, lo ataca por los pecados de sus antepasados. En el último momento, Yuuto es salvado por Himari, una misteriosa mujer-gato que porta una espada, quien le revela que es el descendiente de una familia de cazadores de demonios y que el amuleto protector que lo rodea ha perdido por fin su poder. A medida que Yuuto se ve arrastrado más profundamente a ese conflicto oculto, su vida se vuelve cada vez más caótica: mujeres empiezan a aparecer en la puerta de su casa, cada una con sus propios deseos oscuros, mientras las fuerzas que lo persiguen se le acercan. Entre el recuerdo del pasado de sus antepasados y la peligrosa realidad que ahora lo rodea, Yuuto debe decidir si puede adaptarse a esta extraña nueva existencia o si será consumido por el destino sobrenatural que está a punto de alcanzarlo.