Noragami se centra en Yato, una deidad menor que se hace llamar el «Dios de las Entregas» y sueña con construir un santuario, reunir a millones de fieles y, por fin, ser recordado por el mundo. Como no tiene ningún santuario dedicado a su nombre, acepta encargos por cinco yenes cada uno, aferrándose a la esperanza de que suficientes gestos pequeños le ganen un lugar entre los dioses. Pero el compañero que le sirve de arma se cansa de servir a un dios sin suerte y acaba abandonándolo.
Todo cambia cuando Hiyori Iki, una estudiante de secundaria, salva a Yato de un accidente de coche y queda con el alma suelta, lo que le permite salir de su cuerpo. Hiyori le exige que la devuelva a la normalidad, pero cuando descubre que para hacerlo necesita un nuevo compañero, acepta a regañadientes ayudarlo a buscar uno. Esa decisión la arrastra al extraño y peligroso mundo de Yato y la une a él mucho más de lo que esperaba.
A lo largo de la franquicia Noragami, ese vínculo improbable arrastra a Yato, Hiyori y a las personas ligadas a ellos al frágil equilibrio entre los dioses, los espíritus y el mundo humano. La serie combina acción sobrenatural, comedia y drama mientras Yato lucha por ser reconocido, Hiyori busca la forma de volver a una vida ordinaria y las alianzas tensas que los rodean revelan lo precario que es en realidad ese equilibrio.