En Noir, París se convierte en el cruce de caminos de dos mujeres unidas por la violencia y la memoria. Mireille Bouquet, una asesina a sueldo de mente fría, recibe un extraño correo electrónico de Kirika Yuumura, una joven estudiante japonesa, en el que la invita a «hacer una peregrinación al pasado» juntas. Mireille descarta el mensaje hasta que este desencadena una canción de su juventud, un detalle que sugiere que quien lo envió podría saber más sobre ella de lo que correspondería a un desconocido.
Cuando por fin se conocen, unos hombres armados las atacan, y el encuentro revela que Kirika es mucho más peligrosa de lo que parecía al principio. Lucha con precisión letal, pero afirma que no puede sentir remordimiento por las personas a las que mata y recuerda casi nada sobre cómo aprendió a pelear o quién es en realidad. Al reconocer una conexión que todavía no pueden explicar, Mireille acepta trabajar con ella, y ambas empiezan a aceptar encargos mientras buscan respuestas. Bajo el nombre en clave de «Noir», su tensa alianza se vuelve más frágil con cada misión, lo que las arrastra cada vez más profundamente a la historia oculta que enlaza sus pasados y a la verdad detrás de sus identidades. A medida que continúan moviéndose por un mundo de organizaciones secretas y agendas ocultas, cada nuevo encargo las acerca más a las fuerzas que las han moldeado y a la verdad enterrada en su pasado compartido.