Noein: Mou Hitori no Kimi e comienza en el último verano de la escuela primaria, cuando Haruka Kaminogi, Yuu Gotou y otros dos amigos deciden hacer una prueba de valentía en un cementerio cercano. Antes de que empiece la prueba, Haruka hace un último intento por apartar a Yuu de su madre controladora, pero entonces presencia una extraña nevada azul y la aparición de un imponente hombre de cabello plateado. En el cementerio se repite una visión similar, y Haruka y sus amigos intentan huir de lo que al principio creen que son fantasmas. En realidad, las figuras que tienen delante son los Dragon Soldiers, una unidad militar de élite procedente de la dimensión La'cryma.
Los Dragon Soldiers han viajado al mundo de Haruka y Yuu para asegurarse el Dragon Torque, la entidad que consideran su última esperanza de supervivencia en medio de un violento conflicto a través del espacio-tiempo. Su misión cambia bruscamente cuando ellos y la propia Haruka descubren que el Dragon Torque es ella misma. Mientras intenta escapar de los Dragon Soldiers, su principal aliado pasa a ser ese mismo misterioso hombre de cabello plateado, Karasu, que afirma ser otra versión de Yuu procedente de quince años en el futuro. La serie arrastra a Haruka, Yuu y a quienes los rodean a una guerra entre dimensiones en la que La'cryma y el propio futuro penden de un hilo.