No.6 se desarrolla en un mundo transformado tras una guerra devastadora, en el que la humanidad sobrevive dentro de seis ciudades-estado que, vistas desde dentro, parecen pacíficas y perfectas. En la aparentemente idílica ciudad-estado No.6, Shion ha crecido como un joven de élite con todas las ventajas, pero un encuentro fortuito con un misterioso chico llamado Nezumi cambia el rumbo de su vida. Nezumi procede del yermo que se extiende más allá de los muros, un mundo áspero habitado por quienes la ciudad ha dejado de lado. Aunque Shion sabe que Nezumi es un fugitivo, decide darle cobijo durante la noche y protegerlo, y ese único acto de desafío trae consigo graves consecuencias: Shion y su madre pierden su estatus privilegiado como élites y son reubicados, mientras la reluciente superficie de No.6 comienza a agrietarse.
Años más tarde, Shion y Nezumi vuelven a encontrarse. El antiguo elitista y el chico prófugo deben enfrentarse a la verdadera naturaleza de la ciudad que creyeron conocer, mientras navegan un vínculo tenso marcado por la confianza, la traición y la supervivencia. A medida que se acercan al corazón de No.6, su reencuentro desencadena una aventura que poco a poco deja al descubierto los secretos devastadores ocultos tras sus muros.
