Ninja Kamui se centra en Joe Logan, un antiguo asesino ninja que ha sepultado su pasado y ha construido una vida tranquila en el campo con su esposa y su hijo bajo identidades falsas. Durante un tiempo, la familia Logan cree haberse librado del violento mundo que Joe dejó atrás, incluso cuando una serie de asesinatos de gran repercusión comienza a cobrarse la vida de sus antiguos compañeros y la sombra de su viejo clan se acerca cada vez más.
Cuando asesinan a su familia y dejan a Joe por muerto, la vida que trató de proteger queda destruida en un instante. Despierta en un hospital, sobrevive a otro intento de asesinato y se ve obligado a recurrir a las técnicas secretas a las que una vez intentó renunciar. Mientras los detectives Emma Samanda y Mike Moriss investigan los asesinatos, se ven arrastrados a las consecuencias del ataque a Joe y de la organización a la que él sirvió.
A partir de entonces, Ninja Kamui se convierte en una implacable historia de venganza sobre la traición, las identidades ocultas y las antiguas lealtades letales, con Joe abriéndose paso entre las fuerzas ligadas a su pasado en una lucha por destruir el mundo que lo creó.
