En Nabari no Ou, Rokujou Miharu es un chico de 14 años tranquilo, apático, pero también travieso, que descubre que lleva consigo el Shinrabanshou, un poderoso hijutsu codiciado por los clanes ninja ocultos bajo la sociedad cotidiana. Lo que parece una vida escolar normal en Nabari no es más que una tapadera para facciones rivales, y en cuanto se identifica a Miharu como el portador del Shinrabanshou, se convierte en objetivo de cualquiera que aspire a controlar ese mundo en las sombras.
Su compañero de clase, Kouichi Aizawa, y su profesor de inglés, Thobari Durandal Kumohira, son en secreto ninjas del clan Banten, y tratan de acercarlo a su entorno mientras lo protegen de ataques constantes. Al principio, Miharu no quiere saber nada de su invitación para unirse a su “club” ninja, pero la violencia que lo rodea le deja poco margen si quiere sobrevivir.
A medida que se intensifican los combates, Miharu se ve arrastrado cada vez más a los conflictos ocultos de Nabari, donde la lealtad, la supervivencia y el poder chocan constantemente. Rodeado de aliados, enemigos y pretensiones enfrentadas sobre su futuro, se acerca cada vez más al centro de la lucha por el control de Nabari.
