En My Hero Academia: Vigilantes, Kouichi Haimawari lleva años diciéndose que ser un héroe ya no está a su alcance. Estudiante universitario anodino y con una vida corriente, sigue admirando la idea de ayudar a los demás, incluso en un mundo en el que el 80% de la población posee Dones sobrehumanos y solo un pequeño número de personas es elegido para proteger al público como héroes con licencia.
Cuando un encuentro fortuito en la calle lo pone en contacto con el justiciero Knuckleduster y la enérgica Pop☆Step, Kouichi se ve arrastrado a la faceta más oscura del trabajo de héroe, que opera al margen de la aprobación oficial. Mientras se enfrentan a amenazas a las que los héroes con licencia no siempre pueden llegar, Kouichi se ve obligado a decidir si su sueño abandonado puede sobrevivir en un mundo donde la justicia no siempre viene de la mano de la ley.