En Gekkan Shoujo Nozaki-kun, el romance de instituto choca con los plazos de entrega, las tareas de asistente y una cadena constante de malentendidos. Chiyo Sakura está enamorada del callado y aparentemente inalcanzable Umetarou Nozaki, pero cuando por fin se le declara, él confunde sus sentimientos con admiración por su manga y la recluta como asistente de la serie de shōjo que publica bajo el seudónimo de Sakiko Yumeno. Ese único malentendido arrastra a Chiyo al mundo excéntrico de Nozaki, donde un día cualquiera de instituto puede transformarse de repente en reuniones de guion, tareas de dibujo o en otro recordatorio absurdo de que el romance y la realidad rara vez avanzan al mismo ritmo.
Mientras Chiyo sigue intentando mantenerse cerca de Nozaki, se ve envuelta con su compañero asistente Mikoto Mikoshiba, con Yuu Kashima, el «Príncipe de la Escuela», y con un grupo más amplio de compañeros cuyas personalidades son tan indómitas como las historias que ayudan a crear. Entre la vida escolar y la producción del manga, Gekkan Shoujo Nozaki-kun sigue la obstinada esperanza de Chiyo de que algún día Nozaki se dé cuenta de lo que siente, aunque cada nueva interacción no hace más que intensificar la comedia que los rodea y convertir los momentos cotidianos en una elaborada confusión romántica.
