MM! sigue a Taro Sado, un estudiante de primer año de instituto cuyos impulsos masoquistas convierten una y otra vez la vida escolar cotidiana en humillaciones públicas. Con la esperanza de corregir el problema, sigue a su amigo travestido Tatsukichi Hayama hasta el Segundo Club Voluntario, un peculiar grupo extraescolar que pronto se convierte en el centro de su rutina, cada vez más caótica.
Ya en la sala del club, Taro queda atrapado en la órbita de Mio Isurugi, la líder del club, que insiste en que es un dios pero entra en pánico al ver gatos; de Arashiko Yuuno, que no soporta estar cerca de hombres; y de la asesora Michiru Onigawara, una sádica que disfruta haciendo que otros hagan cosplay. Sus reuniones se convierten en una sucesión de malentendidos, retos y sonrojos cada vez más intensos, y cada intento de resolver un problema crea varios más. Compañeras de clase como Yumi Mamiya, masajista, y Noa Hiiragi, presidenta del club de inventos, no hacen sino echar más leña al fuego.
Con una mezcla de comedia escolar trepidante, personalidades excéntricas y un incesante desfile de enredos en la sala del club, MM! mantiene el foco en hasta dónde llegará Taro para superar su condición, mientras las personas que lo rodean siguen arrastrándolo a problemas cada vez mayores.
