Mikagura School Suite gira en torno a Eruna Ichinomiya, una estudiante de secundaria que se matricula en la Academia Mikagura con un sueño muy sencillo: pasar sus días rodeada de chicas adorables con ropa igual de adorable. Atraída por los llamativos uniformes del centro y por Seisa Mikagura, la chica más hermosa de la academia, Eruna pronto descubre que pertenecer a un club es obligatorio. Cada club cuenta con un estudiante que lo representa y se enfrenta a otros representantes mediante poderes únicos; esos combates determinan la posición y el trato que recibe cada uno dentro de la academia, convirtiendo la vida escolar cotidiana en un sistema competitivo con consecuencias reales.
Tras unirse al Club de Regreso a Casa, Eruna se ve arrastrada de inmediato a la siguiente ronda de combates entre clubes y a una red de rivalidades, alianzas y problemas ocultos dentro de la academia. Su entusiasmo no deja de llevarla de un club a otro a medida que conoce a sus excéntricos miembros, los ayuda con sus problemas personales y se implica cada vez más en la lucha por alcanzar la cima. Basada en la popular serie de canciones Mikagura Gakuen Kumikyoku, la historia combina comedia escolar y competición sobrenatural mientras Eruna se abre paso entre los numerosos clubes de la academia, donde la reputación, los recursos y el orgullo siempre están en juego.
