Megami no Café Terrace sigue a Hayato Kasukabe, quien regresa al café familiar junto al mar tras la muerte de su abuela, Sachiko, solo para descubrir que Familia Café Terrace se ha convertido en el hogar de cinco chicas acogidas por ella: Ouka Makuzawa, Akane Hououji, Riho Tsukishima, Shiragiku Ono y Ami Tsuruga. Al principio, Hayato pretende demoler la propiedad y convertirla en un aparcamiento, pero las chicas se niegan a dejar que desaparezca el lugar que las acogió, obligándolo a enfrentarse a un futuro que nunca había planeado.
Bajo el mismo techo, Hayato se ve arrastrado al ritmo cotidiano del café y a los complejos vínculos entre las cinco chicas, cada una con su propia personalidad, ambiciones y sentimientos hacia el lugar que Sachiko dejó atrás. Lo que empieza como un conflicto por una herencia se va transformando gradualmente en una historia sobre la responsabilidad, la memoria y la reconstrucción de un hogar que importa a todos los implicados.
Mientras Hayato reflexiona sobre su pasado con Sachiko, empieza a comprender el calor humano y el legado vinculados a Familia Café Terrace. Decidido a preservar ese legado, cambia de rumbo y pide a las cinco chicas que trabajen con él como las “diosas” capaces de mantener vivo el café.