Medaka Box sigue a Medaka Kurokami, una estudiante brillante, hermosa y atlética, cuya perfección solo es comparable a su deseo de hacer felices a los demás. Cuando se presenta a la presidencia del consejo estudiantil en la prestigiosa Academia Hakoniwa y gana con el 98 % de los votos, su primera medida es crear la «Medaka Box», una caja de sugerencias en la que cualquier estudiante puede presentar una petición de ayuda.
Junto a su amigo de la infancia Zenkichi Hitoyoshi, un chico cínico al que obligan a servir a su lado, Medaka se entrega a resolver problemas a un ritmo desconcertante, y cada encargo completado se traduce en una flor más en la sala del consejo estudiantil, mientras intenta llenar de ellas toda la escuela. Lo que comienza como una premisa de vida escolar absurdamente enérgica revela poco a poco el lado oscuro de la Academia Hakoniwa, donde las peticiones se vuelven cada vez más extrañas y el conflicto oculto en torno al campus se vuelve más peligroso.
A medida que Medaka y Zenkichi se ven arrastrados más profundamente a ese conflicto, descubren un plan devastador vinculado a la propia academia e incluso a Medaka. El resultado es una franquicia construida sobre acción desbordada, personajes excéntricos y una heroína cuyo idealismo se pone a prueba en un mundo mucho más extraño de lo que parecía al principio.
