Mebius Dust se desarrolla tras el 2.29, nombre con el que se conoce al día en que un grupo de meteoritos Möbius cayó sobre la Tierra el 29 de febrero de 2000. De aquel suceso surgió el Möbius Dust, una sustancia que se disuelve en el aire y puede provocar milagros conocidos como Rams, convirtiendo a algunas personas en portadores de Rams. El fenómeno transforma la vida cotidiana, pero también agudiza las fracturas de la sociedad japonesa: la desigualdad económica se amplía, el resentimiento se enquista y surge el terrorismo de quienes rechazan el mundo desigual que nace después.
Como respuesta, la policía crea una fuerza especial para combatir esos ataques y funda una escuela para formar a sus futuros miembros. Araki Tomori, su hermana menor Stella Tomori y su amiga de la infancia Olga Shiratori alcanzan la madurez en esa sociedad transformada, donde el poder extraordinario es inseparable del miedo, el control y la violencia política. Sus vidas se cruzan con las del profesor Shinri Yuda, que estudia los Rams, y con las de otros jóvenes, entre ellos Kai Kinami, Shousei Isora, Haruto Kagari, Kurusu Kotobuki, Spica Kotobuki y Kei Tsurugi. A medida que su entrenamiento, sus lealtades y sus habilidades se ponen a prueba, la serie sigue a una generación marcada por un poder nacido de los milagros y por la inestabilidad que deja a su paso.
