Ha pasado un siglo desde que la "magia verdadera", inicialmente considerada mera tradición y leyenda, se convirtió en una tecnología común en todo el mundo. La Escuela Secundaria Afiliada a la Primera Universidad Nacional de Magia (First High), una de las nueve academias mágicas de Japón, admite a dos hermanos habilidosos: Miyuki y Tatsuya Shiba. First High divide a sus estudiantes en dos grupos, Curso 1 y Curso 2, según las puntuaciones del examen de ingreso. Esto provoca un evidente desprecio hacia los alumnos del Curso 2, etiquetados como "Malas hierbas" por los estudiantes del Curso 1, que a su vez se llaman a sí mismos "Flores".
Tatsuya es admitido en el Curso 2, mientras que su hermana Miyuki entra en el Curso 1 como estudiante de honor. Miyuki quiere demostrar a First High que, a pesar de que su hermano está etiquetado como inepto, es uno de los mejores magos del mundo.
Mahouka Koukou no Yuutousei narra la historia de Mahouka Koukou no Rettousei desde el punto de vista de Miyuki y de las demás protagonistas femeninas.
[Escrito por MAL Rewrite]