Gushing over Magical Girls sigue a Utena Hiiragi, una chica que ha pasado años admirando a Tres Magia, el trío de chicas mágicas que protege su ciudad. Para Utena, sus batallas públicas en nombre de la justicia representan todo lo heroico y deslumbrante del mundo en el que quiere creer, y su fascinación se profundiza cuando aparece una misteriosa mascota negra con una oferta aparentemente imposible: la posibilidad de convertirse ella misma en una chica mágica.
La promesa resulta ser una trampa. Utena es arrastrada a las filas de una organización malvada y obligada a luchar contra las mismas heroínas que una vez idolatró. Lo que debería haberle provocado vergüenza despierta en cambio una emoción más oscura, y cada encuentro la aleja más de los ideales que antes apreciaba. En lugar de rechazar la violencia, Utena descubre que disfruta el dolor que inflige a Tres Magia, y la admiración se transforma poco a poco en una obsesión sádica.
Ambientada en medio del choque entre una villana autoproclamada y las defensoras mágicas de la ciudad, Gushing over Magical Girls construye su historia en torno a la creciente fijación de Utena, al incómodo atractivo de su nuevo papel y al conflicto cada vez mayor entre la devoción y la corrupción.