Magic Kaito sigue a Kaito Kuroba, un estudiante de secundaria que no desea otra cosa que llevar una vida normal, hasta que descubre el secreto detrás del ladrón fantasma Kaito Kid, el legendario «Mago bajo la luz de la luna». El ladrón Kaito Kid no era un desconocido en absoluto, sino el propio padre de Kaito, y esa revelación lo arrastra a un conflicto que comenzó cuando una organización criminal mató a su padre mientras buscaba la gema Pandora.
Según la leyenda vinculada a Pandora, la gema derrama una lágrima cuando el Cometa del Valle pasa una vez cada diez mil años, y se dice que quien consume esa lágrima obtiene la inmortalidad. Decidido a resolver el misterio de la muerte de su padre y a impedir que Pandora caiga en las manos equivocadas, Kaito hereda el disfraz de Kid y se convierte él mismo en el ladrón fantasma. Noche tras noche, roba joyas de incalculable valor mientras busca pistas, todo ello sin revelar su doble vida a quienes lo rodean. Magic Kaito combina crimen, legado familiar y una peligrosa carrera contrarreloj frente a la organización que sigue persiguiendo el poder de Pandora.
