Horizon in the Middle of Nowhere se desarrolla en un futuro lejano en el que la humanidad ha abandonado una Tierra arruinada para lanzarse a las estrellas, solo para verse obligada a regresar cuando una fuerza desconocida vuelve imposible viajar por el espacio. A su vuelta, descubren que la Tierra ya no puede sostenerlos, con una sola excepción: Japón. Para alojar a la población superviviente, se construyen dimensiones de bolsillo alrededor del país, y la humanidad comienza a recrear su propia historia de acuerdo con el libro sagrado conocido como el Testamento.
Para el año 1413 de la Era del Testamento, las naciones surgidas de esos mundos de bolsillo invaden y conquistan Japón, obligando a sus habitantes originarios al exilio. Siglos después, en 1648, esos refugiados viven a bordo de la nave-ciudad Musashi, que rodea Japón bajo la vigilancia constante de la Unión del Testamento, la autoridad encargada de supervisar la recreación histórica. Cuando el Testamento deja repentinamente de revelar lo que sucede después de 1648, comienzan a extenderse rumores de apocalipsis y de guerra total.
En medio de esa incertidumbre, Toori Aoi, jefe de la Federación Suprema de la Academia Musashi Ariadust y presidente del consejo estudiantil, reúne a sus compañeros y aliados. Juntos aprovechan la oportunidad para luchar por Musashi, desafiar a las fuerzas que controlan Japón y recuperar su patria.
