Kyokou Suiri, conocida internacionalmente como In/Spectre, se desarrolla en un mundo donde los yokai viven ocultos a plena vista y las viejas leyendas pueden convertirse en amenazas reales cada vez que la frontera entre lo sobrenatural y la humanidad empieza a resquebrajarse. Cuando era niña, Kotoko Iwanaga fue llevada por los yokai y aceptó convertirse en su «Diosa de la Sabiduría», mediadora entre ambos mundos, a cambio de su ojo derecho y su pierna izquierda. Años después, interviene cuando la gente común no puede enfrentarse a problemas relacionados con los yokai y, con su aguda inteligencia y su actitud intrépida, convierte rumores, miedos y folclore en casos que exigen una investigación minuciosa.
Durante una visita a un hospital local, Kotoko conoce a Kurou Sakuragawa, un estudiante universitario que intenta recuperarse de una larga relación terminada en una dolorosa ruptura. Al intuir algo sobrenatural bajo su apariencia tranquila e inofensiva, y al sentirse atraída por él, le pide que la ayude a ocuparse de incidentes relacionados con los yokai. A partir de ese momento, ambos se convierten en compañeros tanto en la resolución de misterios como en la lucha por sobrevivir, mientras atraviesan extraños encuentros que revelan hasta qué punto puede ser peligroso un mundo oculto.
Dos años después, se difunde la noticia de que una idol murió aplastada accidentalmente por unas vigas de acero. Poco después, comienzan los avistamientos de una mujer sin rostro que empuña una viga de acero, lo que arrastra a Kotoko y a Kurou a un caso que parece estar vinculado con esa misma muerte. Lo que comienza como otro rumor sobrenatural pronto se transforma en algo mucho más siniestro y personal de lo que esperaban. Ese caso es solo una parte de una franquicia más amplia construida en torno a la tensa colaboración de la pareja, en la que las amenazas sobrenaturales suelen estar moldeadas tanto por el miedo y las creencias humanas como por los propios yokai.