Kuzu no Honkai sigue a Hanabi Yasuraoka y Mugi Awaya, que a ojos de quienes los rodean parecen la pareja perfecta. En realidad, los une el mismo dolor secreto: ambos están enamorados de alguien con quien no pueden estar. Hanabi ha amado a su amigo de la infancia y vecino Narumi Kanai desde que tiene memoria, y se llena de alegría cuando él se convierte en su nuevo profesor tutor. Esa esperanza empieza a desvanecerse cuando la profesora de música, Akane Minagawa, se fija en Narumi y entre ambos comienza a surgir una relación.
Mugi arrastra una herida parecida. Akane le dio clases particulares en secundaria, y él ha estado enamorado de ella desde entonces. Después de que un encuentro casual en el pasillo lo acerque a Hanabi, los dos estudiantes solitarios empiezan a pasar más tiempo juntos. Con el tiempo, deciden utilizarse mutuamente como sustitutos de las personas a las que aman de verdad y comparten intimidad física dentro de un acuerdo concebido para mantener a raya su soledad. Bajo la imagen de una pareja ideal, ambos siguen atrapados por sentimientos que no saben resolver.
